De bestuurder van het SWV moet voor belangrijke zaken (zoals begroting of verandering van het ondersteuningsplan) instemming vragen aan de Raad van Toezicht (RvT), aan de schoolbesturen in de deelnemersraad en aan de ouders en medewerkers in de ondersteuningsplanraad (OPR). In de ondersteuningsplanraad (OPR) zitten ouders, medewerkers en de bestuurder samen om tafel om te bespreken of de goede dingen goed gedaan worden. De OPR controleert of de bestuurder zich houdt aan het ondersteuningsplan en alle daaruit voortkomende.
Het SWV PO heeft geen personeel in dienst, het SWV VO wel. Daarom kent het SWV VO ook een eigen medezeggenschapsraad. Daarin overlegt de bestuurder met personeelsleden over het gevoerde beleid. Ook de MR heeft op een aantal gebieden instemmingsrecht of adviesrecht.
